茶树est-ssrs分布特征及引物开发

为了在茶树中开发est-ssrs功能性标记，利用生物信息学方法对ncbi网上公开的3288奈茶树（camellia subebsus）ests序列进行est-ssrs特征分析。剔除冗余序列，得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元ssrs的est序列有385条，共486个est-ssrs，平均相隔2．10kb出现1个ssr。在2～6bp的重复基元中，二核苷酸重复基元的ssrs出现频率最高（51．97％），其次是三核苷酸（19．55％）。对所有的重复基元类型进行统计分析发现，所占比例最高的是ag／ct（47．74％），其次分别是at／ta（4．73％）和aag／ctt（4．73％）。利用prime5软件，设计了206对est-ssrs引物，随机选用72对引物进行ssr扩增，发现31对引物可以扩增出条带，其中29对引物具有多态性，多态性比率为93．5％。这些est-ssrs将有助于茶树基因组学方面的研究。完成机构：[1]中国农业科学院茶叶研究所／国家茶树改良中心,杭州310008 [2]南京农业大学,南京210095